Пробиотици се генерално сматрају безбедним за већину људи, али као и код сваког додатка исхрани, важно је придржавати се основних правила употребе и узети у обзир индивидуалне потребе организма.
За здраве одрасле особе, пробиотици се могу уносити без већих ограничења – било путем хране, било кроз суплементе. Ипак, код особа са ослабљеним имунитетом, озбиљним хроничним болестима или након операција, треба бити опрезан и увек се консултовати са лекаром пре почетка коришћења пробиотика.
Код деце, пробиотици могу помоћи у подршци имунитета и варења, али је важно бирати производе који су намењени њиховом узрасту. За бебе постоје специјално формулисани течни пробиотици који се лако додају у млеко или воду. Труднице и дојиље такође могу користити пробиотике, али уз надзор стручњака.
Могући нежељени ефекти су обично благи и привремени – као што су гасови, надутост или привремене промене у столици. Ови симптоми најчешће нестају након неколико дана редовне употребе.
Препорука је да се пробиотици узимају на празан желудац или између оброка, када је киселост желуца нижа и бактерије имају бољу шансу да преживе. Доследна употреба и правилно дозирање су кључ за постизање најбољих резултата.